มีต้นกำเนิดจากเทือกเขาหิมาลัย ไหลผ่านมณฑลชิงไห่ ประเทศจีน และบริเวณที่ราบสูงธิเบต ไหลลงสู่ทะเลจีนใต้ ผ่านประเทศจีน ประเทศลาว ประเทศพม่า ประเทศไทย ประเทศกัมพูชา และประเทศเวียดนาม มีความยาวทั้งหมด 4,880 กิโลเมตร เป็นความยาวในประเทศจีน 2,130 กิโลเมตร ช่วงที่แม่น้ำไหลผ่านประเทศจีนมีชื่อเรียกว่า แม่น้ำหลานชางเจียง หรือ แม่น้ำล้านช้าง และเมื่อไหลผ่านเข้าเขตประเทศพม่า และประเทศลาว เรียกว่า แม่น้ำของ ในภาษาไทยเรียกว่า แม่น้ำโขง ยังเป็นเส้นเขตแดนระหว่างประเทศไทยกับประเทศลาวด้วย
ลักษณะสำคัญของแม่น้ำโขงคือ มีตลิ่งที่สูงชันมากทั้งสองฝั่ง ไหลเลี้ยวเลาะไปตามไหล่เขา กระแสน้ำจะไหลจากทางเหนือลงสู่ทางใต้ตลอดทั้งปี
ระดับน้ำในฤดูฝนกับฤดูแล้งจะมีความแตกต่างกันอย่างมาก ความเร็วของกระแสน้ำขึ้นอยู่กับแต่ละฤดูกาล ดินในแม่น้ำโขงเป็นดินทราย มีเกาะแก่งน้อยใหญ่กว่าหนึ่งร้อยแห่งเรียงรายตลอดแม่น้ำ ทำให้ได้รับการขนานนามว่า แม่น้ำดานูบตะวันออก
สัตว์น้ำขนาดใหญ่ที่พบมากในแม่น้ำโขงได้แก่ ปลาบึก
แม่น้ำโขงกับความเชื่อพื้นบ้าน
คนไทยและคนลาวมีความเชื่อเกี่ยวกับพญานาค หรืองูขนาดใหญ่ที่มีฤทธิ์มาก ว่าอาศัยอยู่ในแม่น้ำโขง ตำนานพญานาคที่เกี่ยวข้องกับแม่น้ำโขงก็เช่น ตำนานวังนาคินทร์คำชะโนด
นอกจากนี้ ทุกวันออกพรรษาจะมีประชาชนจำนวนมากไปเยือนริมฝั่งแม่น้ำของในประเทศไทย แถบอำเภอโพนพิสัย จังหวัดหนองคาย เพื่อดูปรากฏการณ์บั้งไฟพญานาค ซึ่งสร้างรายได้ให้แก่จังหวัดเป็นอย่างมาก
จังหวัดที่มีปรากฏการณ์บั่งไฟพญานาคที่มีประชาชนนิยมไปเฝ้าดูมากที่สุด คือ จังหวัดหนองคาย ซึ่งในช่วงระยะเวลาหลายปีที่ผ่านมา มีกลุ่มนักวิจัยจากหลายสถาบันได้ออกมาชี้ชัด หรือหาหลักฐานอธิบายปรากฏการณ์ดังกล่าว ว่าเกิดจากกลุ่มก๊าซธรรมชาติที่มีอยู่ในแม่น้ำโขง อาทิเช่น ก๊าซมีเทน เป็นต้น แต่ก็ยังมีได้มีหลักฐานชี้ชัดเป็นที่แน่นอน ว่าเหตุการณ์ดังกล่าว เกิดจากการกระทำของพญานาค หรือ เกิดจากการกระทำของธรรมชาติกันแน่
แหล่งท่องเที่ยวที่สำคัญสำหรับการชมภูมิทัศน์ของลำน้ำโขงที่มีชื่อเสียงได้แก่ บริเวณสามเหลี่ยมทองคำ ตอนบนของจังหวัดเชียงราย ซึ่งเป็นบริเวณที่เป็นรอยต่อระหว่างพรมแดน 3 ประเทศ ได้แก่ ไทย ลาว และพม่า แม่น้ำโขง